Maria Jürgensen wurde in Flensburg geboren. Sie wuchs in einer Kirchenmusikerfamilie auf und lernte in kurzer Zeit, auf verschiedensten Instrumenten zu musizieren. 1993 gewann sie dann den 1. Preis im Landeswettbewerb „Jugend musiziert“ im Fach Orgel, 1995 den 2. Preis im Bundeswettbewerb „Jugend musiziert“, zusammen mit Jan Christoph Semmler (Trompete), im Fach Klavierbegleitung. Sie war von 1990 bis 1995 als Posaunistin Mitglied im LandesJugendJazzOrchester Schleswig-Holstein.

1995 begann sie das Kirchenmusikstudium an der Hochschule für Musik und Theater „Felix Mendelssohn Bartholdy“ in Leipzig. Zu ihren Lehrern gehörten Prof. Arvid Gast, Thomaskantor Prof. Georg Christoph Biller, Universitätsmusikdirektor David Timm, Prof. Siegfried Thiele, Prof. Volker Bräutigam, Prof. Horst Gurgel und Prof. Dirk Schmidt. Sie legte 2002 das A-Diplom ab. Von Oktober 1999 bis Januar 2000 studierte sie an der Universität für Musik und Darstellende Kunst Wien u. a. in der Orgelklasse von Guido Mayer. Im April 2005 schloss sie das Konzertexamen Orgel bei Prof. Wolfgang Zerer in Hamburg mit Auszeichnung ab.

Sie war Vorstandsmitglied des Nordelbischen Kirchenmusikerverbandes und zu der Zeit Kirchenmusikerin an der St. Johannis-Kirche in Hamburg-Harburg. Anschließend wechselte sie als A-Kirchenmusikerin an die Gemeinde „Zum Guten Hirten“ in Berlin-Friedenau. Von 2008 bis 2010 war sie Kreiskantorin des Kirchenkreises Berlin-Schöneberg. Seit 2011 lebt sie wieder in Hamburg und ist dort in der Kirchengemeinde Sinstorf sowie als freischaffende Organistin und Chorleiterin tätig.